Độ cao trung bình của khối đá vôi Hoa Lư là 70 m – 105 m thấp dần theo hướng Tây Bắc – Đông Nam. Trên địa bàn huyện Hoa Lư nơi có nhiều di tích lịch sử văn hoá, danh thắng nổi tiếng. Khối núi đá vôi chiếm gần nửa diện tích phía Tây huyện, tập trung chủ yếu các xã: Trường Yên, Ninh Xuân, Ninh Hải và phần lớn là xã Gia Sinh huyện Gia Viễn. Toàn bộ dải đá vôi có khoảng vài trăm ngọn. Núi phân bố dày đặc, núi nọ xếp liền núi kia, dãy nọ nằm kề dãy kia từ xa xưa đã tồn tại những con đường mòn len lỏi của dân đi rừng, càng về phía Đông núi càng thưa dần tạo nên nhiều thung Karst mà dân địa phương gọi là “Thong” hoặc “Áng” như áng Mương, thong Bái, thung Lang, thung Tối Trong, thung Tối Ngoài, thung Nấu Rượu, thung đền Trần… Trong vùng dự án đã khảo sát và đo vẽ được 31 thung. Dưới chân các núi đá vôi nhiều nơi còn thấy các hàm ếch là dấu tích của biển. Chính vì vậy vùng núi đá vôi Hoa Lư còn được gọi là “Hạ Long trên cạn”.
Trên đỉnh các khối núi đá vôi rất phổ biến dạng địa hình Karst-đá tai mèo, còn trong lòng các khối đá vôi có rất nhiều hang động. Các hang động ở đây phần lớn thuộc loại hang nằm ngang, trần thường có dạng vòm.
Khu du lịch sinh thái Tràng An hiện nay chưa có đánh giá chính xác được số lượng hang động chỉ riêng số hang xuyên thuỷ đã được đo khảo sát là 48 hang với tổng chiều dài 12.226 m, nhóm hang xuyên thuỷ dài như: hang Địa Linh (1.500 m), hang Sinh Dược (1.300 m), hang Mây (1.200 m)… quần thể hang, động, núi, thung, hồ, suối… đã tạo nên một sinh cảnh “Tràng An” thơ mộng “độc nhất vô nhị” ở đồng bằng Bắc Bộ cũng như mọi vùng miền của đất nước, “một vùng non nước hữu tình” quần hội nhiều danh lam thắng cảnh độc đáo đa dạng một tài nguyên du lịch giàu tiềm năng.Về động thực vật
Do đặc điểm môi trường tự nhiên, khu du lịch sinh thái Tràng An có hệ động, thực vật phong phú, tính đa dạng sinh học cao. Qua điều tra, khảo sát bước đầu đã thống kê được 577 loài thực vật trong đó có 10 loài nằm trong sách đỏ Việt Nam cần được bảo vệ. Đặc biệt tài nguyên cây thuốc ở đây đa dạng quý hiếm đã có 311 loài có thể dùng làm thuốc, thực vật làm cây cảnh có 76 loài thuộc 31 họ… các cây gỗ quý như kiềng kiềng, đinh, sến, lát rất ít và ở những nơi khó đến còn lại hiện nay trên núi đá vôi là những thực vật ít giá trị về kinh tế.
Động thực vật thuỷ sinh trong vùng ngập nước Tràng An còn tương đối phong phú, bao gồm 30 loài động vật nổi, 40 loài động vật đáy đặc biệt là rùa cổ sọc (Ocacliasinensis) được coi là động vật quý hiếm cần được bảo vệ.
Động vật trên cạn chưa thống kê đầy đủ nhưng hiện nay nhân dân địa phương đôi khi cả khách du lịch vẫn còn gặp những bầy khỉ, sơn dương, cầy đổi màu, tê tê, tắc kè, rái cá, mèo rừng, vượn, trăn, rắn; các loài chim như sáo, vẹt, khiển, chim cu, le le, cò, soóc, đặc biệt là phượng hoàng đất – một loài chim quý hiếm sống thành bày đàn.
Trong quá trình dựng nước và giữ nước đầy cam go, sóng gió nhưng rất oanh liệt và hào hùng của dân tộc vai trò lịch sử của vùng đất “linh thiêng” này được đánh dấu chói lọi những dấu tích để lại như: thời các vua Hùng có đền thờ “Quý Minh Đại Vương” (đền Trần), thờ Cao Sơn Đại Vương (núi chùa Bái Đính), thời Đinh, Lê, Lý (thế kỷ X) hệ thống núi đá, rừng cây, sông hồ, suối đã là “quân thành đá” đã là “chiến hào kháng chiến”, đã là “trận đồ bát quái” nào Phủ Đột, Phủ Khống, hang Địa Linh, thung Nấu Rượu, thung đền Trần, thung thuốc, thung Lang, đặc biệt là hai lần chống quân Nguyên đã từng là thủ đô kháng chiến của vua, vương nhà Trần. Đã là nơi tế cờ mở đầu cho cuộc đại phá quân Thanh lịch sử trận đầu tiên diệt đồn Gián Khẩu của vua Quang Trung – Nguyễn Huệ (xuân Kỷ Dậu – 1789) (núi chùa Bái Đính). Trong kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ hệ thống hang động và sông hồ ở đây đã in đậm dấu ấn và vai trò lịch sử mãi mãi là niềm tự hào của người dân Tràng An đất Việt.
Kể từ khi triển khai khởi công xây dựng đến nay các đơn vị thi công nạo vét cơ bản xong 48 hang động, 31 thung lớn nhỏ. San lấp khu trung tâm, xây dựng cơ bản xong các tuyến du lịch đường thuỷ, đường bộ trong khu hang động. Đầu tư xây dựng cơ bản xong tuyến dường trục chính từ thành phố Ninh Bình đến khu tâm linh núi chùa Bái Đính, đầu tư xây dựng cơ bản một số hạng mục khu tâm linh núi chùa Bái Đính, sửa chữa tôn tạo các đền, chùa, miếu phủ trong khu du lịch sinh thái Tràng An. Đầu năm 2008, đã đưa 2 tuyến du lịch đường thuỷ vào khai thác phục vụ khách du lịch. Khu du lịch sinh thái Tràng An đang khẩn trương tiếp tục tập trung đầu tư phấn đấu đến năm 2010 hoàn thành các hạng mục chính đưa vào đón và phục vụ khách du lịch nhân dịp kỷ niệm 1000 năm Hoa Lư – Thăng Long – Hà Nội.
Phủ Khống và cây thị ngàn năm tuổi
Hiện nay, mới thống kê trong khu vực có 12 di tích lịch sử văn hoá, trong đó có 1 di tích lịch sử cấp quốc gia (núi chùa Bái Đính), 1 lễ hội vùng (lễ hội chùa Bái Đính) hàng năm tổ chức vào ngày mồng 6 tháng Giêng.
Về ẩm thực: đa dạng, phong phú, đặc biệt là “dê Trường Yên”, “cá rô Tổng Trường”, “cơm cháy Hoa Lư”, “mắm tép Gia Viễn”…
Từ góc độ tài nguyên du lịch tự nhiên và tài nguyên du lịch nhân văn đã hội đủ những điều kiện cho phép xây dựng một khu du lịch quốc gia độc đáo và danh tiếng.
Khu du lịch sinh thái Tràng An gồm 4 khu chức năng: – Khu trung tâm – Khu du lịch hang động – Khu núi chùa Bái Đính – Khu công viên văn hoá. Khu du lịch sinh thái Tràng An có 9 tuyến du lịch đường thuỷ và 2 tuyến du lịch đường bộ. Hệ thống giao thông đường bộ được xây dựng 11 tuyến đường chính và các tuyến đường nhánh, các quèn đi bộ qua núi có tổng chiều dài 39,41 km. Khu du lịch đã được quy hoạch chi tiết đồng bộ cả hệ thống cấp điện, hệ thống thông tin liên lạc, cấp nước và vệ sinh môi trường.
Về tài nguyên du lịch nhân văn Thông qua các đợt khảo sát dưới góc nhìn của các lĩnh vực chuyên môn khác nhau các chuyên gia có nhiều đánh giá khác nhau song đều có một thống nhất chung:
Khu du lịch sinh thái Tràng An đang ẩn chứa những giá trị tài nguyên du lịch nhân văn rất lớn có những giá trị tài nguyên được phát lộ đã và đang trong quá trình nạo vét hệ thống hang động, khai quật khảo cổ trong những năm qua. Nhiều di vật, dấu tích của người tiền sử từ 5.000 – 30. 000 năm ở hang Bói, hang Trống. Di chỉ khảo cổ học núi đá hang Chợ và núi đá ông Hay, hang núi Thung Bình.
Đền thờ Quý Minh Đại Vương